在上世紀90年代，哈爾濱船舶工程學院更名為哈爾濱工程大學。1996年9月，楊東奇任哈爾濱工程大學黨委辦公室主任。1997年4月，他任哈爾濱工程大學黨委書記助理兼黨委辦公室主任。1999年8月，他出任哈爾濱工程大學黨委副書記、副校長。
2001年2月，楊東奇離開哈爾濱工程大學，出任黑龍江省委組織部副部長。2004年5月，他出任黑龍江省大興安嶺地委副書記、行署專員、林管局局長。2005年11月，任黑龍江省委副秘書長、辦公廳主任。
2011年8月，楊東奇任黑龍江省委秘書長、辦公廳主任，后于2012年4月躋身黑龍江省委常委行列。據中國經濟網發布的簡歷顯示，2014年1月，楊東奇任黑龍江省委常委、政法委書記。
