林新奇認為，無論是政府機關還是事業單位，都是需要有編制管理的，因為高校和公立醫院人員的歸屬感和專業隊伍的穩定性十分重要，編制對于專業技術人員來說可能比金錢的激勵更加重要。改革的趨勢，是盡可能的擴大非事業編，高校和公立醫院正是朝這個方向走的。
高校和公立醫院人事制度改革的難點在哪？
林新奇認為，難點在于高校和公立醫院的公益屬性使其職能在改革時難以進行清晰的切割，具體表現在三個方面：高校和公立醫院的公益職能和市場職能很難清晰區分，交織在一起；高校和公立醫院與政府的關系特別復雜，間接地承擔了很多政府的職能，特別是服務社會和群眾的職能，不能完全區分開；現在事業單位內部，為了事業的發展，多進人手，又不能完全市場化，最核心的崗位還需編制。
汪玉凱認為，“改革后，事業單位將沒有行政級別，與政府的互動通道該怎么確立是個問題，大學校長和醫院院長還能到相關部委任職么？”如果沒有相關配套，改革實施起來會有很大困難。
董克用認為，反對的力量最可能來自高校和醫院的管理層，因為他們失去了向上要錢的最強有力的工具，同時失去一個約束下屬的手段。來自高校教師和醫院醫生等在編工作人員本身的阻力不會很大。
取消事業編制會不會削弱高校和公立醫院的公益屬性？
汪玉凱認為這完全有可能，將人員管理市場化，保留事業單位屬性，公益性質能否堅守值得懷疑。林新奇認為，“公眾對上大學更難、看病更貴的擔憂有一定的道理，因為改革可能使得高校和公立醫院更愿意做市場化工作，逃避公益的職能。”
而董克用持相反觀點，認為取消編制并不意味著國家財政不出錢了，政府會持續投入為高校和醫院的公益性提供保障。只是以前國家財政是根據編制數量確定財政撥款，現在需要探索新的辦法來解決公共財政如何支持高校和公立醫院公益事業發展的問題。“確定投入的依據在改變，不是依據編制，而是依據提供的公共服務。”
董克用認為，即將開展的編制改革是符合社會主義市場經濟體制改革方向的。“之所以有看病更貴、上大學更難的擔憂，問題是我們只說了前面一句話——要改，但是后面一句話沒有說出來，到底新機制是啥，老百姓不知道，所以才有各種各樣的猜測。”董克用說。公共政策一定要有完備性，一個政策出臺和修改一定要知道為什么改、怎么改、改完后該怎么替代，公共政策的制定是一門科學，要充分討論，使公眾明白。
